O Programa Interuniversitário de Doutoramento em Matemática está organizado em 8 semestres, a que correspondem 240 ECTS (European Credit Transfer System).
No primeiro ano, a que correspondem 60 ECTS, o estudante frequenta três disciplinas (além do Seminário, no primeiro semestre, e duas disciplinas (além do Projecto de Tese), no segundo semestre. Excepcionalmente, em função do percurso académico anterior, poderá haver lugar a dispensa parcial da frequência de disciplinas.
As disciplinas que constituem o primeiro semestre contribuem para que a formação cubra diversas áreas da matemática sendo, portanto, de natureza genérica embora de nível avançado. As disciplinas que integram o segundo semestre dirigem a formação inicial na direcção do trabalho de investigação que se seguirá.
As disciplinas funcionam na Univ. Porto nas edições que se iniciam em anos ímpares e na Univ. Coimbra nas edições que se iniciam em anos pares. São lecionadas em Inglês.